De laatste twee schooljaren in de Havo en de laatste drie in het Atheneum worden de Tweede fase genoemd.
De Tweede fase op de Havo bereidt onze leerlingen voor op het hoger beroepsonderwijs (HBO). Onze Havo-leerlingen zijn actief en praktisch bezig in de les en werken op een hoog niveau.
In de Tweede fase op het Atheneum bereiden we leerlingen voor op het wetenschappelijk onderwijs (WO). In de lessen stimuleren we onze Atheneum leerlingen om een brede onderzoekende belangstelling te ontwikkelen.

Naast vakken die door alle leerlingen in de Tweede fase gevolgd worden, volgen de leerlingen vakken die behoren bij het door hen gekozen profiel.

De profielen zijn:
 - Cultuur en Maatschappij
 - Economie en Maatschappij
 - Natuur en Gezondheid 1
 - Natuur en Techniek

Elk profiel heeft een aantal verplichte vakken en een aantal keuzemogelijkheden.

Daarnaast kiest elke leerling een extra vak. Dit kan een vak uit een ander profiel zijn maar ook een keuzevak, zoals management & organisatie of beeldende vorming/muziek. Tenslotte is er naast de reguliere lessen ruimte voor verrijkende vakken, zoals psychologie in Atheneum 6.